中心现有内设部门15个，其中下设两个职能部门：行政办公室（审计室）和财务科，13个业务部门：继续教育部、卫生人才交流服务部、全科医学培训部、医学模拟培训与研究中心、护理教育发展中心、住院医师规范化培训部、项目发展与研究部、学历教育部、国际合作交流服务部、社会服务部、网络教育部、公共事务与质量控制部、后勤保障部。