深圳市卫生监督局（原深圳市卫生监督所）是深圳市卫生健康委员会直属正处级行政执法机构，2002年1月经深圳市编制委员会《关于我市卫生监督体制改革有关问题的批复》（深编〔2002〕5号）批复成立，2010年12月16日正式更名为深圳市卫生监督局。
深圳市保健办是深圳市保健委员会下设从事干部医疗保健的医疗机构。位于深圳市东门北路1019号大院，医疗建筑面积6000平方米。现有高级职称的医学专家和工作人员200余人。下设专家门诊部、保健部、第一体检部及第二体检部。
直属于深圳市卫生健康委员会的具有独立法人地位的公益性卫生事业单位。中心建筑面积8500平方米，内设办公室、业务科、总务科、献血服务科、检验科、质控科、成分科、供血服务科、待检科、输血医学研究所和免疫遗传研究室，中心下设5个固定捐血站及多个捐血车采血点。
深圳市医疗卫生专业服务中心（事证第1244030019217256XH号）成立于1982年7月，是深圳市卫生健康委员会直属事业单位，属公共卫生机构事业单位，经费来源为财政核补，实行收支两条线管理。
深圳市急救中心是深圳市卫生健康委员会直属全额拨款事业单位，前身为深圳市急救医疗中心，是目前国内发展较为迅速的综合性急救中心之一。
深圳市慢性病防治中心是深圳市卫生健康委员会直属专业公共卫生机构，是全市公共卫生体系的重要组成部分。前身是原宝安县慢性病防治站，2008年5月更名为深圳市慢性病防治中心。
深圳市疾病预防控制中心（Center for Disease Control and Prevention, CDC）是由深圳市政府举办的实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位。1979年在原宝安县卫生防疫站基础上成立深圳市卫生防疫站，2002年更名为深圳市疾病预防控制中心。
深圳市健康教育与促进中心成立于1983年，原名深圳市健康教育研究所，在新的医改形势下，为强化健康教育与健康促进的职能，于2011年2月23日更名为深圳市健康教育与促进中心。
深圳市卫生健康能力建设和继续教育中心是2005年4月28日经深圳市机构编制委员会批准的、市政府举办的实施卫生计生人才培养服务的公益性事业单位。2019年3月由原深圳市卫生计生能力建设和继续教育中心更名，前身为“深圳市医学继续教育中心”。
深圳市卫生健康发展研究中心是深圳市卫生健康委员会直属事业单位，主要工作职责为：卫生健康改革发展战略研究；开展与市民健康相关的公共卫生、卫生管理、卫生经济方面的政策研究，为我市制定卫生健康政策提供咨询与建议。
深圳市职业病防治院于2005年2月正式成立，为深圳市卫生健康委员会直属单位，是集职业病防治、职业卫生技术服务（含放射防护）、职业病诊断和治疗、化学中毒与核辐射医疗救治、职业康复为一体的科、教、研公共卫生机构。
深圳市新建市属医院筹备办公室是深圳市卫生健康委员会直属事业单位，2008年11月市机构编制委员会办公室批复成立深圳市卫生局新建市属医院筹备办公室，2009年2月13日于深圳市罗湖区田贝一路文锦广场14楼正式挂牌成立，2010年3月更名为深圳市新建市属医院筹备办公室……
深圳市医学信息中心是深圳市卫生健康委员会直属事业单位，为广东省规模较大的综合性医疗卫生专业信息机构。主要承担深圳市卫生和计生系统信息化建设规划、协调、组织、指导和评估。
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