深圳市卫生监督局（原深圳市卫生监督所）是深圳市卫生健康委员会直属正处级行政执法机构，2002年1月经深圳市编制委员会《关于我市卫生监督体制改革有关问题的批复》（深编〔2002〕5号）批复成立，2010年12月16日正式更名为深圳市卫生监督局。
深圳市保健办是深圳市保健委员会下设从事干部医疗保健的医疗机构。位于深圳市东门北路1019号大院，医疗建筑面积6000平方米。现有高级职称的医学专家和工作人员200余人。下设专家门诊部、保健部、第一体检部及第二体检部。
深圳市计划生育协会成立于1985年10月，是以倡导人民群众计划生育、生殖健康、家庭幸福为目标的全市性、非营利性群众团体，是中国计生协会的地方组织。深圳市计生协会长由市政府分管的副市长兼任，常务副会长由市卫健委主任兼任。2012年6月以来，市和各区计生协先后“入序”、“...
深圳市人民医院始建于1946年，前身系宝安县卫生院，解放后更名为宝安县人民医院，因粤港澳居民称住院为“留医”，她作为当时深圳经济特区唯一一家拥有住院部的医疗机构，医院亦被居民习称为“留医部”，并成为深圳市人民医院的代名词沿用至今。1979年伴随深圳经济特区成立更名...
深圳市第二人民医院（深圳大学第一附属医院）是集医疗、教学、科研、康复、预防保健和健康教育“六位一体”的现代化综合性医院。医院始建于1979年，是深圳市首批两家“三甲”医院之一。
北京大学深圳医院是深圳市政府投资建成的集医疗、教学、科研和预防为一体的现代化三级综合性医院。医院于1999年底建成开业，2000年纳入北京大学附属医院管理体系，成为北京大学非直属附属医院。2011年被评为三级甲等医院，2017年通过三级甲等医院复审。
深圳市中医院始建于1975年，包含光明院区、福田院区、针灸医院和科教中心“一院四区”，下属机构有深圳市中医药研究所、深圳市国际中医药人才培训中心、深圳市中药制剂中心。医院于1995年成为三级甲等中医医院。
深圳市妇幼保健院成立于1979年，深圳经济特区正式成立后，医院由原宝安县妇幼保健站随升为深圳市妇幼保健所；经深圳市妇幼保健所、深圳市妇女儿童医院、深圳市妇幼保健院等20多年变革历程，2002年4月将深圳市妇幼保健院和深圳市妇女儿童医院合并，成立新的深圳市妇幼保健院。
中国医学科学院阜外医院深圳医院（以下简称阜外医院深圳医院）是经国家卫生健康委员会批准、由国家心血管病中心 中国医学科学院阜外医院和深圳市政府联合创办的一所心血管专科医院，是深圳市政府医疗卫生“三名工程”重点项目。
深圳市第三人民医院（南方科技大学第二附属医院）始建于1985年，是由深圳市政府创办的一所大型现代化“强专科，大综合”的市属三级甲等传染病研究型医院。主要承担深圳市及周边港、澳、珠海、东莞、惠州地区的传染病与重大疫情的防控以及深圳市2000万市民的综合医疗服务。
深圳市眼科医院位于深圳市福田区，成立于1983年3月，是集医疗、教学、科研为一体的现代化眼病防治专科医院。
深圳市儿童医院位于市中心区，1998年初正式开院，是一家集医疗、保健、科研、教学为一体的现代化综合性三级甲等儿童医院和儿科急救中心，为深圳及周边十几个地区儿童提供医疗保健服务。
深圳市康宁医院始建于1980年，是深圳市唯一一家集预防、医疗、康复、科研、教学于一体的三级甲等精神病专科医院，2007年医院加挂深圳市精神卫生中心，承担全市精神卫生防治和康复技术指导，流浪精神病人救治救助和精神病人强制医疗等任务。
香港大学深圳医院是由深圳市政府全额投资、并引进香港大学现代化管理模式的大型综合性公立医院。医院总投资约40亿元，占地面积19.2万平方米，总建筑面积36.7万平方米。
南方医科大学深圳医院按照三级甲等公立医院标准，由深圳市政府投资兴建，委托南方医科大学全面管理，成为大学的第六所直属附属医院。
中国医学科学院肿瘤医院深圳医院由中国医学科学院肿瘤医院（国家癌症中心）和深圳市政府联合创办，是深圳市唯一的肿瘤专科医院。医院位于龙岗区宝荷路113号，用地面积96403㎡，一期工程编制床位800张。2022年医院将建成质子治疗中心等，总床位数达到2000张。
中山大学附属第七医院是由深圳市政府投资建设、中山大学在深圳运营管理的第一家直属附属医院，是粤港澳大湾区格局下深圳市建设卓越的创新引领型全球城市和中山大学努力迈进世界一流大学前列的战略结晶，是中大医科品牌在新时代最具代表性的传承和发展。
医院是直属于深圳市卫生健康委员会的市属公立医院,按照三级综合医院标准建设,由市卫生健康委员会和世界神经外科联合会(WFNS)终身荣誉主席马吉德·萨米教授及其团队合作运营，位于深圳市坪山区金牛西路1号,占地6.8万平方米,一期建筑面积13.7万平方米,一期计划开放病床600张。
深圳市口腔医院项目于2009年12月13日获立项批复，并于2016年定为深圳市卫生事业发展“十三五”规划安排的重点建设项目，选址桂园北路70号，规划病床50张，牙椅100台，定位为我市首家集医疗、科研、教学、预防保健等功能为一体的、现代化的三级口腔专科医院。
南方医科大学深圳口腔医院（坪山）是深圳市卫生健康委与南方医科大学、深圳市坪山区协议合作运营的一家非营利性公立口腔医院。作为南方医科大学直属附属医院，未来医院将以国家“粤港澳大湾区”建设为契机，在深圳市“东进战略”推动和“大南医”理念指引下，充分融合大学优质...
深圳市老年医学研究所为市属科研事业单位，也是深圳市目前唯一的市属独立法人医学科研机构和老年医学机构，市机构编制委员会1984年批准成立，是中国老年医学研究机构联盟常务理事单位,国际传统医学研究会、世界中联诊断学会等6个国际和全国性学术团体副会长、副主委单位，并为...
直属于深圳市卫生健康委员会的具有独立法人地位的公益性卫生事业单位。中心建筑面积8500平方米，内设办公室、业务科、总务科、献血服务科、检验科、质控科、成分科、供血服务科、待检科、输血医学研究所和免疫遗传研究室，中心下设5个固定捐血站及多个捐血车采血点。
深圳市医疗卫生专业服务中心（事证第1244030019217256XH号）成立于1982年7月，是深圳市卫生健康委员会直属事业单位，属公共卫生机构事业单位，经费来源为财政核补，实行收支两条线管理。
深圳市急救中心是深圳市卫生健康委员会直属全额拨款事业单位，前身为深圳市急救医疗中心，是目前国内发展较为迅速的综合性急救中心之一。
深圳市慢性病防治中心是深圳市卫生健康委员会直属专业公共卫生机构，是全市公共卫生体系的重要组成部分。前身是原宝安县慢性病防治站，2008年5月更名为深圳市慢性病防治中心。
深圳市疾病预防控制中心（Center for Disease Control and Prevention, CDC）是由深圳市政府举办的实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位。1979年在原宝安县卫生防疫站基础上成立深圳市卫生防疫站，2002年更名为深圳市疾病预防控制中心。
深圳市健康教育与促进中心成立于1983年，原名深圳市健康教育研究所，在新的医改形势下，为强化健康教育与健康促进的职能，于2011年2月23日更名为深圳市健康教育与促进中心。
深圳市卫生健康能力建设和继续教育中心是2005年4月28日经深圳市机构编制委员会批准的、市政府举办的实施卫生计生人才培养服务的公益性事业单位。2019年3月由原深圳市卫生计生能力建设和继续教育中心更名，前身为“深圳市医学继续教育中心”。
深圳市卫生健康发展研究中心是深圳市卫生健康委员会直属事业单位，主要工作职责为：卫生健康改革发展战略研究；开展与市民健康相关的公共卫生、卫生管理、卫生经济方面的政策研究，为我市制定卫生健康政策提供咨询与建议。
深圳市职业病防治院于2005年2月正式成立，为深圳市卫生健康委员会直属单位，是集职业病防治、职业卫生技术服务（含放射防护）、职业病诊断和治疗、化学中毒与核辐射医疗救治、职业康复为一体的科、教、研公共卫生机构。
深圳市新建市属医院筹备办公室是深圳市卫生健康委员会直属事业单位，2008年11月市机构编制委员会办公室批复成立深圳市卫生局新建市属医院筹备办公室，2009年2月13日于深圳市罗湖区田贝一路文锦广场14楼正式挂牌成立，2010年3月更名为深圳市新建市属医院筹备办公室……
深圳市医学信息中心是深圳市卫生健康委员会直属事业单位，为广东省规模较大的综合性医疗卫生专业信息机构。主要承担深圳市卫生和计生系统信息化建设规划、协调、组织、指导和评估。
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